Algunas
de las utilidades producidas
en el laboratorio
PD:
Calcula la distintividad filogenética usando una matriz de
BPA
primario multiplicada por el vector de las longitudes de las ramas (no
se necesita transponer o pasar a binario). Se
usó para responder la critica de Faith et al (2004). ver Posadas
et al (2004).
Pae/BPA:
Genera una matriz de PAE/BPA usando el formato de PD/Richness.
PP:
Calcula el perfil de una seria de árboles (a partir de
árboles al azar o para una matriz de caracteres binarios
mediante la ecuación de Carter et al (1990)) y el valor de PP
para un(os) árbol(es). ver Arias
& Miranda-Esquivel
(2004).
Richness:
Calcula indices filogenéticos y complementariedad para
establecer
prioridades de conservación. Para más
información ver Posadas
et al (2001).
2->P:
Estos programas se utilizan para generar los códigos de
eliminación de caracteres y taxa (=jackknife) necesarios para
diferentes macros de TNT
Yuu-PRC:
Grupo de macros para TNT para realizar diferentes búsquedas
parciales. Trabajan en conjunción con los programas de "2->p"
SF2/KoF:
Estos programas se utilizan para leer los arboles producidos tras la
eliminación de caracteres y taxa (=jackknife) y particiones generados por
los diferentes macros "yuu-PRC" para TNT. Miden la cantidad de nodos compartidos
MK/KI:
Estos programas se utilizan para leer los arboles producidos tras la
eliminación de caracteres y taxa (=jackknife) y particiones generados por
los diferentes macros "yuu-PRC" para TNT. Comparan el ajuste de los caracteres.
2tts:
Este programa lee un árbol en formato de NONA (TNT) y elabora una salida para TAS.
from Here to Eternity:
Este programa lee un archivo de entrada en formato tf o nelson05 y genera una salida en formato de NONA (TNT) para hacer BPA (el primario)